يدير المعهد مجلس إدارة ويسيره مدير عام يتألف مجلس إدارة المعهد العالي للقضاء وفقا للمادة التاسعة من القانون رقم 37.22 المتعلق بالمعهد العالي للقضاء من :
يمكن لرئيس مجلس الإدارة أن يدعو لحضور اجتماعات المجلس، بصفة استشارية، كل شخص ذاتي مشهود له بالكفاءة والخبرة في مجال اختصاص المعهد وكذا كل شخص اعتباري يرى فائدة في حضوره. يعين رئيس مجلس الإدارة مقررا للاجتماع من بين أعضاء المجلس. إذا تعذر على رئيس مجلس الإدارة ترؤس أشغال المجلس أو عاقه عائق، ناب عنه رئيس النيابة العامة. يحضر المدير العام للمعهد اجتماعات المجلس، ويشارك في المناقشات دون أن يكون له الحق في التصويت. وفي حالة انقطاع أحد أعضاء مجلس الإدارة المعينين، لأي سبب من الأسباب عن ممارسة مهامه، أو غيابه عن ثلاثة اجتماعات متتالية للمجلس، أو خمسة اجتماعات بصفة متقطعة، بدون مبرر يقبله المجلس، أو فقدانه للصفة التي عين بها، يعين عضو يخلفه وفق نفس الكيفيات المشار إليها أعلاه.
